Η Εργαστηριακή Μονάδα Θαλασσίων Τοξικών Μικροφυκών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (ΕΜΘΤΜ – ΑΠΘ) εδρεύει στην Θεσσαλονίκη και συγκεκριμένα στο κτίριο του Τμήματος Βιολογίας του ΑΠΘ.
Ο ρόλος της ΕΜΘΤΜ – ΑΠΘ είναι η ανίχνευση, η ταυτοποίηση και ο ποσοτικός προσδιορισμός θαλάσσιων δυνητικώς τοξικών μικροφυκών.
Η τρέχουσα βασική δραστηριότητα της ΕΜΘΤΜ – ΑΠΘ είναι ο έλεγχος δειγμάτων νερού από περιοχές αλιείας και καλλιέργειας διθύρων μαλακίων για τον προσδιορισμό τοξικών ή/και δυνητικώς τοξικών μικροφυκών, υπεύθυνων για την παραγωγή θαλασσίων βιοτοξινών, στα πλαίσια του «Εθνικού Προγράμματος Επιτήρησης Ζωνών ή Περιοχών Παραγωγής Δίθυρων Μαλακίων» του ΥΠΑΑΤ.
Η ΕΜΘΤΜ – ΑΠΘ συγκροτήθηκε το 1999 στα πλαίσια εναρμόνισης της χώρας μας με τα λοιπά μέλη της Ε.Ε. για την εφαρμογή και διατήρηση προγραμμάτων παρακολούθησης τοξικών ή/και δυνητικώς τοξικών μικροφυκών με σκοπό την προστασία της δημόσιας υγείας.
Ιδρυτής της ΕΜΘΤΜ – ΑΠΘ ήταν ο εκλιπών Αναπλ. Καθηγητής του Τμήματος Βιολογίας Γεώργιος Νικολαΐδης.
Το 2004 η ΕΜΘΤΜ αναγνωρίστηκε από το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων (ΥΠΑΑΤ) ως το εξουσιοδοτημένο εργαστήριο (293609/20-09-2004 απόφαση του ΥΠΑΑΤ) για την ανίχνευση δυνητικώς τοξικών μικροφυκών στα παράκτια νερά εκτροφής και αλιείας διθύρων μαλακίων.
Από το 2010, μετά την απώλεια του επιστημονικού της υπεύθυνου κ. Γ. Νικολαΐδη, τη διεύθυνση της ΕΜΘΤΜ ανέλαβε ως Επιστημονικώς Υπεύθυνος ο Καθηγητής του Τμήματος Βιολογίας κ. Μηνάς Αρσενάκης.
Το Δεκέμβριο του 2011, στα πλαίσια της διαρκούς προσπάθειάς της για παροχή υπηρεσιών υψηλού επιπέδου και αξιοπιστίας, η ΕΜΘΤΜ – ΑΠΘ ξεκίνησε τη διαδικασία για τη διαπίστευσή της και πλέον λειτουργεί σύμφωνα με το πρότυπο EN ISO 17025 με πεδίο εφαρμογής το πρότυπο ΕΛΟΤ ΕΝ 15204.